Christian Anfinsen sinh tại Monessen, Pennsylvania trong một gia đình người Na Uy nhập cư. Thập niên 1920, gia đình ông chuyển tới cư ngụ ở Philadelphia. Ông đậu bằng cử nhân ở Swarthmore College năm 1937. Năm 1939, ông đậu bằng thạc sĩ ngành hóa hữu cơ ở Đại học Pennsylvania. Năm 1939, The American-Scandinavian Foundation (Quỹ Scandinavia-Hoa Kỳ) cấp cho ông một học bổng để nghiên cứu phát triển các phương pháp mới nhằm phân tích cấu trúc hóa học của các protein phức tạp, tức là các enzym, tại phòng thí nghiệm Carlsberg ở Copenhagen, Đan Mạch. Năm 1941, Anfinsen được cấp một học bổng để học bằng tiến sĩ ở Phân khoa Hóa sinh của Trường Y học Harvard (thuộc Đại học Havard), và năm 1943 Anfinsen đậu bằng tiến sĩ ngành hóa sinh ở trường này.[2]

Ông cải sang Do Thái giáo năm 1979. Cùng năm, ông đã bỏ không hút thuốc lá nữa.[3]